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免疫病理诊断是确诊 IgAN 的“金标准”。从IgAN患者的肾组织免疫荧光或免疫组化可以见到，在肾小球系膜区、系膜旁区，IgA呈弥漫性或节段性沉积。对13 项研究进行荟萃分析结果显示，单纯IgA沉积仅占IgAN 的不到10%,合并IgG沉积的比例超过40%,合并IgM 沉积的比例超过50%。 肾中沉积也可见补体成分，研究显示超过90%的IgAN患者同时存在C3 沉积，而仅有不足10% 的患者同时存在C1q 沉积。大约30%的患者存在C4沉积。部分患者的毛细血管壁有IgA沉积，常提示预后不良。
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