AlphaFold3预测的分子复合物（蓝色、粉色）与发现的真实分子结构（灰色）几乎匹配
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2024 年 5 月，DeepMind 推出了 AlphaFold 3，它不仅能预测单体蛋白质的结构，还能模拟蛋白质与 DNA 或 RNA 等其他分子的相互作用，进一步推动了生物预测模型的发展。AlphaFold 3 采用新一代架构和覆盖所有生命分子的训练体系，核心是在基于 AlphaFold 2改进的 Evoformer 模块。在处理输入的分子列表后，AlphaFold 3 使用类似于 AI 生成图像的扩散网络组装预测结果，生成相互配合的三维结构。AlphaFold 3 能够对包括蛋白质、DNA和 RNA 在内的大型分子进行建模，也可以对小分子（即配体，包括许多药物）建模。此外， AlphaFold 3 还能够建模分子的化学修饰，化学修饰调控 着细胞的正常功能，当被破坏时可能导致疾病。
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