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扫描电镜的核心性能指标为分辨率。对成像而言，它是指能分辨两点之间的最小距离；对微区成分分析而言，它是指能分析的最小区域。扫描电镜的分辨率通过测定图像中两个颗粒（或区域）间的最小距离来确定的，在已知放大倍数的条件下，把在图像上测到的最小间距除以放大倍数所得数值即为分辨率。根据分辨率的不同，场发射扫描电镜可以分为极高分辨（XHR）、超高分辨（UHR）、高分辨（HR）、入门级（EL）这四个级别。
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